BLOK OPERACYJNY UCK składa się z 25 sal operacyjnych, które znajdują się w budynkach Centrum Medycyny Inwazyjnej i Centrum Medycyny Nieinwazyjnej.
Blok operacyjny w budynku CMI to 15 sal. Zabiegi operacyjne wykonywane są z klinik:
- Chirurgii Klatki Piersiowej
- Chirurgii Onkologicznej, Transplantacyjnej i Ogólnej
- Chirurgii Plastycznej
- Chirurgii Szczękowej
- Neurochirurgii
- Okulistyki
- Ortopedii
- Otolaryngologii
- Urologii
Blok Operacyjny w budynku CMN to 10 sal operacyjnych. Zabiegi wykonywane są z klinik:
- Chirurgii i Urologii dzieci i młodzieży
- Chirurgii Naczyniowej
- Kardiochirurgii
- Położnictwa i Ginekologii, Ginekologii Onkologicznej i Ginekologii Endokrynologicznej
Na BO UCK wykonywane są również zabiegi transplantacyjne: przeszczepy serca, płuc, nerek wątroby, rogówek.